دانشگاه امام صادق علیه‌السلام در سال ۱۳۶۱ هجری شمسی (۱۹۸۳ میلادی و ۱۴۰۲ هجری قمری) در تهران تاسیس شد. هدف اصلی این دانشگاه تلفیق بین علوم اسلامی و علوم انسانی متداول بوده است. مؤسسان این دانشگاه پیش از پیروزی انقلاب اسلامی با درک شکاف موجود بین حوزه و دانشگاه در صدد تاسیس دانشگاهی بر‌آمدند که تلفیقی از دروس حوزه و دانشگاه را در خود داشته باشد. موضوع جدایی حوزه و دانشگاه از توجهات اصلی بنیانگذار جمهوری اسلامی‌ ایران، حضرت امام خمینی (قدس سره الشریف) بوده است و ایشان در مقاطع مختلف و در سخنرانی‌ها و وصیت‌نامه خود بارها بر وجود برنامه‌ای استعماری جهت ایجاد گسست بین این دو نهاد تاکید کرده و لزوم پیوند آن دو را گوشزد نموده‌اند.
در این نظام دانشجویان همزمان با تحصیل علوم اسلامی، علوم متداول انسانی را نیز می‌آموزند. یکی از شاخص‌های دانشگاه امام صادق علیه‌السلام عدم اختلاط جنسیتی است. بسیاری از خانواده‌های مذهبی در ایران آرزو دارند فرزندشان در دانشگاهی تحصیل کند که محیط آن مذهبی باشد. تلاش مسؤولان دانشگاه نیز بر آن است که این دانشگاه صرفا یک محیط علمی نباشد بلکه جنبه‌های تربیتی نیز در آن لحاظ شود. بر این اساس، دانشگاه به دو بخش برادران و خواهران تفکیک شده است.