ساختار اندیشکده از هسته های علمی و دفاتر تخصصی تشکیل شده است:

هسته اقتصاد ورزش

هسته اقتصاد مسکن، زمین و ساختمان 
دفتر حاکمیت داده

دفتر اقتصاد دیجیتال و هوشمند سازی
دفتر فن اوریهای مالی
دفتر اقتصاد مس و صنایع وابسته
دفتر اقتصاد معدن و صنایع وابسته
دفتر بانکداری قرض الحسنه

دفتر بانکداری متعارف

دفتر مالیات و مالیات ستانی

دفتر اقتصاد مالی

دفتر اقتصاد بین الملل از جمله اجزا تشکیل دهنده این ساختار است.