معاونت آموزشی و تحصیلات تکمیلی دانشکده الهیات متکفل حرکت در راستای اهداف عالیه دانشگاه در حوزه آموزش در سطوح کارشناسی ، کارشناسی ارشد و دکتری است. موارد ذیل از اهم اهداف و کارهای این معاونت تلقی می شود:

۱- طراحی و به تصویب رساندن رشته های جدید تلفیقی و مرتبط

۲- آسیب شناسی و بازنگری در رشته های دایر

۳- ارزشیابی آموزشی دانشجویان و ارزیابی عملکرد اساتید در آموزش و پژوهش

۴- انجام امور پایان نامه های کارشناسی ارشد و رساله های دکتری و هدایت و ارزیابی آن ها

۵- طراحی و برگزاری کارگاه های دانش افزایی اساتید