دوره دکتری در دانشکده شامل رشتههای مدیریت مالی، مدیریت دولتی (تصمیم گیری و خط مشیگذاری عمومی)، مدیریت آموزشی و رفتار سازمانی و مدیریت منابع انسانی است. داوطلبان ورود به این دورهها بایستی علاوه بر مصاحبه، حدّ نصاب لازم در آزمون معارف اسلامی(اسما) را کسب نمایند.